穴太寺（あなおじ）は、京都府亀岡市にある天台宗の寺院。山号を菩提山（ぼだいさん）と称し、本尊は薬師如来、札所本尊は聖観世音菩薩。西国三十三所第21番札所となっている。

「あなおおじ」「あのうじ」と読まれることもあり、「穴穂寺」「穴生寺」とも表記された。

宝徳2年（1450年）成立の『穴太寺観音縁起』によれば、慶雲2年（705年）、文武天皇の勅願により大伴古麻呂が開創したとされる。

穴太寺の聖観音像は「身代わり観音」の伝説で知られ、この伝説が『今昔物語集』に取り上げられていることから、平安時代末期には観音霊場として当寺が知られていたことがわかる。『今昔物語集』所収の説話によると、昔、丹波国桑田郡の郡司をしていた男は、都の仏師に依頼して聖観音像を造り、仏師には褒美として自分の大切にしていた名馬を与えた。しかし、与えた名馬が惜しくなった男は、家来に命じて仏師を弓矢で射て殺してしまった。ところが、後で確認すると仏師は健在で、観音像の胸に矢が刺さっていた。改心した男は仏道を信じるようになったという。同様の説話は『扶桑略記』にもあるが、ここでは男の名が「宇治宮成」、仏師の名が「感世」とされている。

1月3日、「福給会」（ふくたばえ、ふくたまえ）が催される。これは、300年以上続く伝統行事で、1から33番までの札3000枚を本堂から巻き、拾った番号によってくじが行なわれる。3枚だけ赤い札が入っており、それを拾った人は1年間幸せに過ごせるという。

JR嵯峨野線（山陰本線）亀岡駅から、京阪京都交通バス60系統京都学園大学行にて、穴太口下車徒歩10分。
京阪京都交通バス59系統穴太寺循環にて、穴太寺前下車徒歩1分