この寺にある叡福寺北古墳には、聖徳太子本人とその母・穴穂部間人皇后（あなほべのはしひとこうごう、? - 621年）、太子の妃・膳部菩岐々美郎女（かしわでのほききみのいらつめ、? - 622年）が眠っているとされている。叡福寺の所在する磯長（しなが）は蘇我氏ゆかりの地であり、聖徳太子の父（用明天皇）と母はともに蘇我氏の血を引いているが、この古墳の被葬者を聖徳太子とすることについては異説もある。なお、叡福寺近辺には敏達天皇、用明天皇、推古天皇、孝徳天皇の陵もある。

寺伝によれば、聖徳太子は生前、推古天皇28年（620年）にこの地を墓所と定めたという。推古天皇29年（621年）、穴穂部間人皇后が没するとここに葬られ、翌年、相次いで没した聖徳太子と妃の膳部菩岐々美郎女が追葬されたという。太子の没後、伯母にあたる推古天皇が土地建物を寄進し、墓守りの住む堂を建てたのが叡福寺の始まりとされている。約1世紀後の神亀元年（724年）、聖武天皇の発願で東院・西院の2つの伽藍を整備し、西院を叡福寺と称したというが、このことは正史には見えず、史実かどうか定かではない。叡福寺の創建年代については諸説あり、実際の創建は平安時代以降に下るとする見かたもある。

叡福寺は聖徳太子ゆかりの寺として、歴代の天皇や権力者に重んぜられた。平安時代には嵯峨天皇をはじめ多くの天皇が参拝しており、平清盛は子息の平重盛に命じて堂塔の修理をさせている。また、日本仏教の祖ともいうべき聖徳太子の墓所があることから、空海、親鸞、日蓮など新仏教の開祖となった僧たちもこの寺に参篭したことが知られている。寺は天正2年（1574年）の兵火で大きな被害を受け、古代の建物は残っていない。その後、慶長年間（17世紀初め）、後陽成天皇の勅願により豊臣秀頼が伽藍を再興した。

叡福寺が聖徳太子磯長廟として祀り聖徳太子らの墓所とされる叡福寺北古墳は、宮内庁により天皇家の陵墓（磯長陵）に指定されている。明治12年（1889年）、学術調査がなされた。聖徳太子の墓所とするのは後世の仮託だとする説もある。古墳は約直径55メートルの円墳で、横穴式石室をもち、内部には3基の棺が安置されているという。中央の石棺に穴穂部間人皇女（母）が葬られ、東と西の乾漆製（麻布を漆で貼り固めたもの）の棺には東に聖徳太子、西に膳部菩岐々美郎女（妻）が葬られているとされる。

明治12年（1889年）の修復調査が実施された際に、横穴入口をコンクリートで埋めてしまったため、中を調査する事は困難である。また調査の際に、棺は確認できたが、遺骸は風化して残っていなかったとされている。

墳丘の周囲は「結界石」と呼ばれる石の列によって二重に囲まれている。平成14年（2002年）に結界石の保存のため、宮内庁書陵部によって整備され、墳丘すそ部が3カ所発掘された。平成14年（2002年）11月14日、考古学、歴史学の学会代表らに調査状況が初めて公開された。墳丘の直径が55メートルを下回る可能性が指摘されている。